A templom elődje a 15. század végén, a Mátyás korban épült. A nemrégiben zárult felújításokhoz sok értékes információt és leletet szolgáltató régészeti feltárás zajlott, a kecskeméti Katona József Múzeum, a visegrádi Mátyás Király Múzeum és a kutatást vezető kalocsai Viski Károly Múzeum szakembereinek együttműködésével. A Virágvasárnapi ünnepi istentiszteleten a templom zsúfolásig megtelt a helyi és a környékbeli református gyülekezetek híveivel,és azon részt vett Nagy István agrárminiszter, valamint Font Sándor országgyűlési képviselő is.

A dunapataji református templom nagy jelentőséggel bír a régió középkori történeti és régészeti kutatásában, hiszen még őrzi az alföldön kuriózumnak számító gótikus építészeti elemeket. Az istentiszteleten elhangzott: a templom vélhetően Magyarország egyetlen olyan református temploma, amely egykor Mátyás kori katolikus templom volt. A felújításhoz a Kormány több száz millió forint anyagi támogatást nyújtott, és ahhoz Dunapataj Önkormányzata is jelentős összeggel járult hozzá. A kapcsolódó feltárás ásatásvezetője a kalocsai Viski Károly Múzeum régésze, Lantos Andrea volt, és abban részt vett a Kecskeméti Katona József Múzeum részéről dr. Rosta Szabolcs régész, múzeumigazgató, illetve Pánya István földrajzkutató is. Az építészeti-művészettörténeti vizsgálatokban dr. Buzás Gergely régész, a Visegrádi Mátyás Király Múzeum igazgatója segítette a munkálatokat.

A templom jelentősége az 1980-as években lezajlott műemléki vizsgálatok alapján vált köztudottá, amikor az épület néhány gótikus építészeti elemét, csúcsíves ablakát bontották ki az újkori vakolat alól, ami által az láthatóvá vált a nagyközönség számára is.

A mostani, mintegy fél évtizede elkezdődött felújítások során az épület belső berendezését ideiglenesen eltávolították, a vakolat jó részét kívül és belül is lebontották, ami lehetőséget adott a gótikus templom maradványainak mélyebb vizsgálatára, és ennek alapján lehetett megállapítani az eredeti épület építési idejét.

Már 2021-ben is arról érkeztek hírek, hogy a templom felújításakor előkerült régészeti leletek bizonyítják a templom elődjének XV. századi eredetét. A szentélyben nyitott régészeti szelvényben előkerült az oltáralapozás, előtte pedig a Paksi családhoz köthető téglából kirakott kripta is, amely szintén a XV. században készült el, körülbelül a templom építésével egy időben. Lantos Andrea ásatást vezető régész akkori tájékoztatása szerint a leletanyagban gótikus faragványok, pénzleletek, valamint egy gót betűkkel feliratozott kőtáblatöredék is előkerült, amely szintén a XV. századra keltezhető. E leletek alapján az eredeti templom építése a század végére, Mátyás király korára tehető.